隨著中國跨境海運市場準入開放，跨境海運市場體系初步形成，但市場機制還不夠完善，諸如價格混亂、惡性競爭、供求失衡等現象一直存在。政府采取相應的措施進行治理，促使跨境海運市場規范化運行，初步形成跨境海運市場的價格機制、競爭機制和供求機制。第一，初步形成價格機制。跨境海運市場放開后，曾引起運價混亂，最主要的原因是該時期實行雙軌制價格.計劃內運輸與計劃外運輸的價格同時存在，前者由國家嚴密控制，后者則由于缺乏完善的價格監管體制而失控。

計劃內運輸采用計劃價，計劃外運輸采用議定價(或協定價)。在沿跨境海運輸中，一般地計劃價要高于議定價。在此階段，計劃運輸還大量存在，計劃價的存在相當普遍。沿跨境海運輸的計劃價長期偏低，并且變動幅度較小，在跨境海運市場流傳“50年代的運價，80年代的成本”之說，鋼材上漲30%，機械配件上漲20%，裝卸費提高20%，港口使用費提高10%。

但是仍執行1957年前的低運價，1984年雖對1至4級運價有所提高，但趕不上成本的增長速度，被戲稱“吸一支海綿頭香煙等于1噸/3海里的運價”。遠洋運輸的計劃價自1979年至1991年期間修改3次運價本。總體上看，運價的調整還是滯后于國際跨境海運市場的供求變化。相對而言，計劃外的跨境海運需求量逐漸增大，但是相應的跨境海運供給能力不足，議定價可以自由地跟隨市場供求的變化而變化，因此，在同航線上議定價高于計劃價。例如，從北方到南方的鋼材、玉米運價為25元/噸左右，而市場議價為100~130元/噸。在需求量較大的航線，經常出現船主哄抬運價的行為，造成市場秩序混亂。跨境海運價格與跨境海運價值背離。跨境海運國企受苦于價格雙軌制，同質不同價，運價低且固定不變，不能隨行入市，使運價與市場供求變化而變化，經營成本不斷在增大，導致運量越大虧損就越大，有部分航線處在虧損運營狀態。價格機制不健全成為腐敗滋生的土壤，許多貨主為了享受計劃內的低運價而采取各種辦法行賄跨境海運國企負責人，跨境海運國企倒賣運力，牟取暴利。

對于計劃外的市場需求，交通部對國企規定的運價低于議定價，給予官員很大的尋租空間。由于有些航線運價長期不變，跨境海運企業虧損嚴重，國家對虧損航線亦無任何補貼和優惠政策，因此，跨境海運企業從虧損航線退出，此類航線的運力出現緊張，但是在價格機制不能發揮作用的情況下，航線的供求關系得不到自然的調節。對于價格機制的完善，交通部一方面建章立制，加強協定價的管理；另一方面，逐步允許跨境海運國企進入計劃外運輸市場，提高計劃外運輸市場的供給能力，調節供求關系，同時逐步減少指令性的計劃運輸量。

此外，賦予跨境海運國企定價權。到了1988年，中國開始實行經理負責制和經濟承包制，除了煤、油、成品油、糧、礦等九種大宗貨外，運費地區除蘇聯、日本、香港外，跨境海運企業在運輸價格有了一定的自主權。