體制內(nèi)的競爭體現(xiàn)在交通部與外貿(mào)部之間的競爭。從部門職能上看，交通部主管運輸業(yè)務(wù)，外貿(mào)部主管對外貿(mào)易業(yè)務(wù)，在對外貿(mào)易運輸上二者之間應(yīng)該是互補、協(xié)作關(guān)系，但實質(zhì)上，它們在業(yè)務(wù)上還存在交叉，正因此相互競爭自然存在。這種競爭現(xiàn)象在計劃經(jīng)濟時期就已經(jīng)初現(xiàn)端倪。指示中央貿(mào)易部和交通部組建中國海外跨境運輸公司，統(tǒng)一掌握海外貨運計劃和辦理對外租船等事宜，公司由兩部共同領(lǐng)導，即行政工作由交通部領(lǐng)導，業(yè)務(wù)工作由貿(mào)易部領(lǐng)導。

中國海外跨境運輸公司成為對外貿(mào)易部直屬的一個公司，從而結(jié)束兩部雙重領(lǐng)導的關(guān)系。1955年，對外貿(mào)易部對外貿(mào)運輸機構(gòu)進行機構(gòu)調(diào)整，重新組建成中國對外貿(mào)易跨境運輸公司和中國租船公司，統(tǒng)一掌握海外貨運計劃和辦理對外租船等事宜，這一管理體制一直沿用到改革開放時期。計劃經(jīng)濟時期，交通部和外貿(mào)部建立船貨平衡會制度解決對外貿(mào)易的海洋運輸問題，通常由兩個部門每月召開船、貨平衡會，按計劃分配運輸貨載。

大體上，交通部管船，外貿(mào)部管貨，但是由于外貿(mào)部兼有對外租船業(yè)務(wù)，事實上也管船，這就出現(xiàn)業(yè)務(wù)交叉。在派船時選擇交通部管轄的國輪抑或是外貿(mào)部租用外輪？外貿(mào)部租用的外輪是由本部門代理抑或是由交通部的中國外輪代理公司代理？兩個部門會出現(xiàn)意見分歧。在計劃經(jīng)濟時期這個內(nèi)部矛盾較為容易化解，但改革開放以后，交通部所轄的中國遠洋跨境運輸公司和外貿(mào)部所轄的中國對外貿(mào)易跨境運輸公司都改制成為獨立的經(jīng)濟實體，業(yè)務(wù)量的大小與自身的經(jīng)濟利益密切相關(guān)，這時昔日的內(nèi)部矛盾演變成為激烈的市場競爭，只不過兩家公司都是體制內(nèi)的國企而已。隨著對外貿(mào)易的擴大，船、貨之間的矛盾進一步深化，在一定程度上影響了交通部和外貿(mào)部之間的業(yè)務(wù)合作關(guān)系。但由于兩公司一個管船、一個管貨；一是承運人，一是托運人。二者性質(zhì)不同，權(quán)利和義務(wù)各異，在經(jīng)營指導思想上差距較大，以致未能合并。1984年11月3日，國務(wù)院同意中國遠洋跨境運輸公司和中國對外貿(mào)易跨境運輸公司有業(yè)務(wù)交叉，即二者可以同時經(jīng)營船與貨，因此，二者在船與貨上都存在競爭，中國遠洋跨境運輸公司積極發(fā)展貨物代理業(yè)務(wù)，打破外貿(mào)部門對貨源的壟斷制約；中國對外貿(mào)易跨境運輸公司則大力開展船舶代理業(yè)務(wù)，打破交通部門對船舶的壟斷制約。

1985年4月4日，國務(wù)院口岸領(lǐng)導小組頒布了《關(guān)于中遠、外運兩公司業(yè)務(wù)交叉問題的通知》，規(guī)定凡到中國口岸的外輪，其代理業(yè)務(wù)由中國外輪代理公司辦理；屬于中國對外貿(mào)易跨境運輸公司的自營船29艘，以及該公司合營的掛五星紅旗的船舶36艘，共65艘，由中國對外貿(mào)易跨境運輸公司自行代理，試行一年。在此時，中國遠洋跨境運輸公司和中國對外貿(mào)易跨境運輸公司的競爭還受到國家的限制。

這兩個文件的出臺，標志著中國遠洋跨境運輸公司和中國對外貿(mào)易跨境運輸公司全面競爭時代的到來。中國對外貿(mào)易跨境運輸公司因過多租用外輪而引起交通部的不滿，1989年11月20日致函當時的外經(jīng)貿(mào)部，譴責其不支持國輪，損害國家利益。交通部認為國輪處于船多貨少狀態(tài)，我方派船的貨物，特別是高運價貨物，中國對外貿(mào)易跨境運輸公司未完全按國務(wù)院要求交國輪裝運，甚至在一些國輪經(jīng)營的班輪航線上輪位利用還不到50%，又用大量外匯租外輪插進來與國輪爭貨。以上海到西北歐的班輪航線為例，國輪艙位利用僅24.3%，中國對外貿(mào)易跨境運輸公司又租用三艘外輪（每艘每天租費一點五萬多美元）與國輪爭貨，使國輪班輪艙位利用降為15.3%，將近85%的艙位被浪費。

競爭機制的引入打破體制內(nèi)的平靜，激起體制內(nèi)企業(yè)間的激烈競爭，這對于中國海運經(jīng)濟的發(fā)展無疑起到促進作用。例如，船舶代理是中國外輪代理公司的主業(yè)，它在市場占據(jù)主體地位，但是，反觀中國對外貿(mào)易跨境運輸公司，它在船舶代理上屬于后起之秀，盡管絕對量比中國外輪代理公司小得多，其增長速度卻相當快，從1986年到1988年增長了137%。